「國定十三行考古遺址」於1957 年時確認為一處史前遺址，並於 1959 年至1963 年進行三次考古發掘，確認其重要性。後因遺址土地上預計興建八里污水處理廠，可能影響遺址保存，考古學者於是在 1990 年至 1992 年進行五次大規模的搶救發掘工作，獲得豐富的考古資料與文物，同時也引起政府及社會大眾對文化資產保存的重視。
保存區上方覆蓋污水廠興建時移除的遺址土壤，四周設立鋼板椿，加強地表保護；中央有一棵龍眼樹，為污水廠興建前即存在於此地，見證了遺址的變遷，是新北市列管的珍貴樹木。由於污水廠興建過程中擾動了遺址的大部分區域，「遺址保存區」成為唯一完整保存的土地。
遺址保存區木棧道區域
遺址保存區