戶外園區
新北考古公園
新北考古公園面積約5.2公頃。以十三行文化為主題，融入考古、教育、生態、藝術與人文等元素，為北臺灣最大之考古公園。包含教育演示教學區、十三行部落教學區、狩獵教學區等三大區，設有學習體驗教室、文物典藏展示室、考古互動探坑、仿十三行人住屋、草棚、穀倉、渠道等，營造十三行人當時居住之環境。
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陽光廣場
陽光廣場大片綠地適合全家大小野餐休憩，而廣場上的裝置藝術作品取材自南島語族的神話故事，如講述天地起源的「創世廣場」，洪水時期的「洪水傳說」，述說射日故事的「射日高臺」，渾沌大地初有人類的「人之初」等。
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鯨背沙丘
鯨背沙丘上指向海洋的放射狀鋼構建築，象徵的是海向量體，建築形狀如同海上拱起的鯨背因此得其名，也象徵當年曾經存在的沙丘，十三行勇士曾在此斥候守望。觀眾可以由入口左邊的樓梯通往由鐵木所鋪成的平臺，眺望陽光廣場、臺北港、淡水河口，以及對岸的漁人碼頭和落日夕陽。
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八角斜塔
博物館建築由孫德鴻建築師設計，設計理念發想於考古發掘及先民乘船渡海來臺。全館藉由三組不同型態的建築群，分別為山與海、過去與現在的意象，以清水混凝土、砂岩及老化的金屬板等，構築而成。
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